Układy ustanawiały odpowiednie instytucje do przeprowadzenia przesiedleń w środku postaci pełnomocników stron na terytorium partnera układu oraz przedstawicieli stron na ich terytorium własnym plus na wskroś precyzowały ich kompetencje. W republikach radzieckich powołani zostali polscy pełnomocnicy: w środku Łucku na rzecz USRR, wewnątrz Baranowiczach na rzecz BSRR także wewnątrz Wilnie na rzecz LSRR. Ich odpowiednikami po stronie sowieckiej byli główni przedstawiciele rządów USRR,BSRR także LSRR, którzy posiadali swe siedziby do wnętrza tych samych miejscowościach. Po stronie polskiej całością przesiedleń kierował Główny Pełnomocnik PKWN do spraw Ewakuacji. Po obarczeniu go kompetencjami do wnętrza sferze repatriacji ludności polskiej z głębi ZSRR także z innych państw nareszcie do wnętrza sierpniu 1945 r. przyjęto nazwę Urząd Generalnego Pełnomocnika Rządu do spraw Repatriacji. Równocześnie wyodrębniono z niego Urząd do Spraw Repatriacji Obywateli Polskich z ZSRR również Urząd do Spraw Repatriacji Obywateli Polskich z Zachodu. Generalnemu Pełnomocnikowi podlegały ponadto urzędy przedstawicieli rządu do spraw ewakuacji ludności ukraińskiej, litewskiej dodatkowo białoruskiej, tudzież od czasu 1946 r. Główny Delegat do spraw Repatriacji Ludności Niemieckiej. Generalnym Pełnomocnikiem był Władysław Wolski, po włączeniu PUR do Ministerstwa Administracji Publicznej wyznaczony podsekretarzem stanu wewnątrz tym ministerstwie.
Układy o wymianie mieszkańców między Polską tudzież Białorusią, Litwą plus Ukrainą ustaliły też stworzenie terenowych placówek do celów przesiedleń. Na terenach Litwy urzędy rejonowych pełnomocników również przedstawicieli usytuowane zostały do wnętrza Duksztach, Ignalinie, Święcianach, Podbrodziu, Landwarowie, Jaszunach, Druskienikach, Rzeszy, Szumsku, Trokach, Wilnie, Nowej Wilejce, Rudziszkach, Druskienikach oraz Olkiennikach. W Ukraińskiej SRR ośrodkami rejonowych pełnomocników zostały: Kowel, Włodzimierz Wołyński, Rawa Ruska, Lwów, Sambor, Drohobycz, Stryj, Chodorów, Stanisławów, Tarnopol, Kamionka Strumiłowa oraz Czortków. Na ziemiach Białorusi urzędy pełnomocników (i przedstawicieli) okręgowych zorganizowano w środku Brześciu, Berezie Kartuskiej, Grodnie, Kobryniu, Lidzie, Pińsku, Prużanie, Słonimiu dodatkowo Wołkowysku.
Na pojałtańskim terytorium Polski instytucje przesiedleńcze tworzył Państwowy Urząd Repatriacyjny.